یکی از مشکلات فعالین صنعت دخانیات، خصوصاً در بخش توزیع نحوه کارکرد سامانه جامع تجارت عنوان می‌شد. از جمله این مشکلات،عدم امکان درج اطلاعات خرده‌فروشی کالای دخانی در سامانه بود، که باعث می‌شد اطلاعات موجودی انبار توزیع‌کنندگان در لایه استانی به طور غیرواقعی متورم گردد و عدم انطباق داده‌های سامانه با موجودی عینی، منجر به تشکیل پرونده‌های تعزیراتی شود.
مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی گزارش نظارت بر عملکرد سامانه جامع تجارت (با تمرکز بر بخش تجارت داخلی) را آذرماه منتشر کرد. در این گزارش آخرین وضعیت سامانه و موانع پیشرفت آن بررسی و پیشنهاداتی ارائه گردیده است.
اما در این گزارش به مشکلاتی که توزیع‌کنندگان کالای دخانی با سامانه دارند اشاره‌ای نشده و حتی در گزارش عنوان محصولات دخانی جزو گروه‌های کالایی تعیین تکلیف‌شده در سامانه تجارت داخلی نمی‌باشد، در حالی که در حال حاضر توزیع‌کنندگان محصولات دخانی ملزم به استفاده از این سامانه هستند و جا داشت مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی به مشکلات عملی در استفاده از سامانه نیز در گزارش نظارتی خود توجه می‌کرد.
در این گزارش، آخرین وضعیت سامانه مذکور و اتصال آن به سایر سامانه‌ها بررسی شده و پیشنهاداتی ارائه شده، از جمله درج یک تکلیف قانونی به دولت در برنامه هفتم توسعه برای اتصال سامانه مذکور به سامانه‌های سازمان امور مالیاتی برای کمک به تشخیص مالیات مؤدیان.
سامانه جامع، سامانه‌ای است به نشانی www.ntsw.ir که طبق ماده (8) قانون بهبود مستمر فضای کسب و کار و بند (الف) ماده (6) قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز توسعه داده شده است. هدف از تدوین این قانون شفافیت در زتجیره تجاری و جلوگیری از قاچاق و احتکار است. در این سامانه امکان ثبت اطلاعات واردات، تولید، خرید و فروش، وحمل و انبارش در سطح شناسه کالا و شناسه رهگیری وجود دارد.
متولی توسعه و بهره‌برداری سامانه جامع تجارت مرکز توسعه تجارت الکترونیکی وابسته به وزارت صنعت، معدن و تجارت است.
ارکان سامانه جامع تجارت
سامانه‌هایی که تاکنون به سامانه جامع تجارت متصل شده‌اند عبارتند از:
سامانه نیما
سامانه جامع انبارها و مراکز نگهداری کالا
درگاه ملی مجوزهای کشور
سامانه یکپارچه اعتبارسنجی و رتبه‌بندی اعتباری
سامانه جامع حمل و نقل
سامانه شناسه کالا
سامانه شناسه رهگیری
سامانه ضوابط تجاری
گواهی امضای الکترونیکی
سامانه همتا
سامانه جامع گمرکی
در گزارش موانع پیشرفت سامانه این موارد اعلام شده است:
عدم استفاده از شناسه کالا در سایر سامانه‌ها
نقص در داده‌های دریافتی گزارشات
نقص در ضوابط و دستورالعمل‌ها برای گروه‌های کالایی
عدم استفاده از داده‌های سامانه تجارت در فرآیند یا سایر سامانه‌های دیگر
عدم توسعه و استقرار سامانه‌های مرتبط با سامانه جامع
در خاتمه این گزارش، مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی پیشنهاد داده است که سازمان امور مالیاتی از داده‌ها و اطلاعاتی که در سامانه جامع تجارت ثبت‌شده‌اند برای محاسبه مالیات استفاده کند و ماده‌ای با مضمون زیر برای درج در فصل فناوری اطلاعات و ارتباطات در برنامه هفتم درج شود:
«سازمان امور مالیاتی مکلف است داده‌ها و اطلاعاتی که در سامانه جامع تجارت ثبت شده‌اند را برای محاسبه مالیات استفاده نموده و این اعداد و ارقام در کنار اطلاعات خوداظهاری تجار به عنوان اطلاعات مالیاتی ثبت شوند.»
